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生物化學(xué)與分子生物學(xué):第一節(jié) 參與蛋白質(zhì)生物合成的物質(zhì)

(一)合成原料自然界由mRNA編碼的氨基酸共有20種,只有這些氨基酸能夠作為蛋白質(zhì)生物合成的直接原料。某些蛋白質(zhì)分子還含有羥脯氨酸、羥賴氨酸、γ-羧基谷氨酸等,這些特殊氨基酸是在肽鏈合成后的加工修飾過程中形成的。(二)mRNA是合成蛋白質(zhì)的直接模板原核細(xì)胞中每種…

(一)合成原料

自然界由mRNA編碼的氨基酸共有20種,只有這些氨基酸能夠作為蛋白質(zhì)生物合成的直接原料。某些蛋白質(zhì)分子還含有羥脯氨酸、羥賴氨酸、γ-羧基谷氨酸等,這些特殊氨基酸是在肽鏈合成后的加工修飾過程中形成的。

(二)mRNA是合成蛋白質(zhì)的直接模板

原核細(xì)胞中每種mRNA分子常帶有多個(gè)功能相關(guān)蛋白質(zhì)的編碼信息,以一種多順反子的形式排列,在翻譯過程中可同時(shí)合成幾種蛋白質(zhì),而真核細(xì)胞中,每種mRNA一般只帶有一種蛋白質(zhì)編碼信息,是單順反子的形式。mRNA以它分子中的核苷酸排列順序攜帶從DNA傳遞來的遺傳信息,作為蛋白質(zhì)生物合成的直接模板,決定蛋白質(zhì)分子中的氨基酸排列順序。不同的蛋白質(zhì)有各自不同的mRNA,mRNA除含有編碼區(qū)外,兩端還有非編碼區(qū)。非編碼區(qū)對(duì)于mRNA的模板活性是必需的,特別是5’端非編碼區(qū)在蛋白質(zhì)合成中被認(rèn)為是與核糖體結(jié)合的部位。見圖18-2。

圖18-2 (a)原核生物mRNA)為多順反子(b)真核生物mRNA為單順反子

mRNA分子上以5"→3"方向,從AUG開始每三個(gè)連續(xù)的核苷酸組成一個(gè)密碼子,mRNA中的四種堿基可以組成64種密碼子。這些密碼不僅代表了20種氨基酸,還決定了翻譯過程的起始與終止位置。每種氨基酸至少有一種密碼子,最多的有6種密碼子。從對(duì)遺傳密碼性質(zhì)的推論到?jīng)Q定各個(gè)密碼子的含義,進(jìn)而全部闡明遺傳密碼,是科學(xué)上最杰出的成就之一,科學(xué)家們?cè)O(shè)計(jì)了十分出色的遺傳學(xué)和生物化學(xué)實(shí)驗(yàn),于1966年編排出了遺傳密碼字典。見表18-1。

表18-1 氨基酸的密碼(code)

5’末端(第1位堿基)中間堿基(第二位堿基)3’末端(第三位堿基)
UCAG
U苯丙(Pne)F絲(Ser)S(Tyr)Y半胱(Cys)CU
苯內(nèi)(Pne)絲(Ser)酪(Tyr)半胱(Cys)C
亮(Leu)L絲(Ser)終止信號(hào)終止信號(hào)A
亮(Leu)絲(Ser)終止信號(hào)色(Trp)G
C亮(Leu)脯(Pro)P組(His)H精(Arg)RU
亮(Leu)脯(Pro)組(His)精(Arg)C
亮(Leu)脯(Pro)谷胺(Gin)Q精(Arg)A
亮(Leu)脯(Pro)谷胺(Gin)精(Arg)G
A     
異亮(ILe)I蘇(Thr)T天胺(Asn)N絲(Ser)SU
異亮(ILe)蘇(Thr)天胺(Asn)絲(Ser)C
異亮(ILe)蘇(Thr)賴(Lys)K精(Arg)RA
*蛋(Met)M(起動(dòng)信號(hào))蘇(Thr)賴(Lys)精(Arg)G
G     
纈(Val)V丙(Ala)A天(Asp)D甘(Gly)GU
纈(Val)丙(Ala)天(Asp)甘(Gly)C
纈(Val)丙(Ala)谷(Glu)E甘(Gly)A
纈(Val)丙(Ala)谷(Glu)甘(Gly)G

*位于mRNA起動(dòng)部位AUG為氨基酸合成肽鏈的起動(dòng)信號(hào)。以哺乳動(dòng)物為代表的真核生物,此密碼子代表蛋氨酸;以微生物為代表的原核生物則代表甲酰蛋氨酸。

遺傳密碼具有以下幾種特點(diǎn):

(1)起始碼與終止碼(Initiation codon and termination codon):

密碼子AUG是起始密碼,代表合成肽鏈的第一個(gè)氨基酸的位置,它們位于mRNA5′末端,同時(shí)它也是蛋氨酸的密碼子,因此原核生物和真核生物多肽鏈合成的第一個(gè)氨基酸都是蛋氨酸,當(dāng)然少數(shù)細(xì)菌中也用GUG做為起始碼。在真核生物CUG偶爾也用作起始蛋氨酸的密碼。密碼子UAA,UAG,UGA是肽鏈成的終止密碼,不代表任何氨基酸,它們單獨(dú)或共同存在于mRNA3’末端。因此翻譯是沿著mRNA分子5′→3′方向進(jìn)行的。

(2)密碼無標(biāo)點(diǎn)符號(hào):兩個(gè)密碼子之間沒有任何核苷酸隔天,因此從起始碼AUG開始,三個(gè)堿基代有一個(gè)氨基酸,這就構(gòu)成了一個(gè)連續(xù)不斷的讀框,直至終止碼。如果在讀框中間插入或缺失一個(gè)堿基就會(huì)造成移碼突變,引起突變位點(diǎn)下游氨基排列的錯(cuò)誤。

(3)密碼的簡(jiǎn)并性(Degemeracy):

一種氨基酸有幾組密碼子,或者幾組密碼子代表一種氨基酸的現(xiàn)象稱為密碼子的簡(jiǎn)并性,這種簡(jiǎn)并性主要是由于密碼子的第三個(gè)堿基發(fā)生擺動(dòng)現(xiàn)象形成的,也就是說密碼子的專一性主要由前兩個(gè)堿基決定,即使第三個(gè)堿基發(fā)生突變也能翻譯出正確的氨基酸,這對(duì)于保證物種的穩(wěn)定性有一定意義。如:GCU,GCC,GCA,GCG都代表丙氨酸。

(4)密f1411.cn/hushi/碼的通用性:

大量的事實(shí)證明生命世界從低等到高等,都使用一套密碼,也就是說遺傳密碼在很長(zhǎng)的進(jìn)化時(shí)期中保持不變。因此這張密碼表是生物界通用的。然而,出乎人們預(yù)料的是,真核生物線粒體的密碼子有許多不同于通用密碼,例如人線粒體中,UGA不是終止碼,而是色氨酸的密碼子,AGA,AGG不是精氨酸的密碼子,而是終止密碼子,加上通用密碼中的UAA和UAG,線粒體中共有四組終止碼。內(nèi)部甲硫氨酸密碼子有兩個(gè),即AUG和AUA;而起始甲硫氨酸密碼子有四組,即AUN。

密碼子結(jié)構(gòu)與氨基酸側(cè)鏈析性之間也有一定關(guān)系。①氨基酸側(cè)鏈極性性質(zhì)在多數(shù)情況下由斷面子的第二個(gè)堿基決定。第二個(gè)堿基為嘧啶(Y)時(shí),氨基酸側(cè)鏈為非極性,第二個(gè)堿基為嘌呤時(shí),氨基酸側(cè)鏈則有極性。②當(dāng)?shù)谝粋(gè)堿基為U或A,第二個(gè)堿基為C,第三個(gè)堿基無特異性時(shí),所決定的氨基酸側(cè)鏈為極性不帶電。③當(dāng)?shù)谝粋(gè)堿基不是U,第二個(gè)堿基是P時(shí),氨基酸側(cè)鏈則帶電。在此前提下,若是一個(gè)是C或A時(shí),表示帶正電的氨基酸,第一、二個(gè)堿基分別是G、A時(shí),此種氨革酸帶負(fù)電,但上述關(guān)系也有個(gè)別例外。

一種氨基酸由多種密碼子所編碼的事實(shí)使人想到:同一種氨基酸的一組密碼子的使用頻率是否相同?許多實(shí)驗(yàn)證實(shí),在原核生物和高等真核生物中同一組密碼子的使用頻率是不相同的。高頻密碼子多出現(xiàn)在那些表達(dá)量高的蛋白質(zhì)基因中,例如,核糖體蛋白質(zhì)基因,RecA蛋白質(zhì)基因等。表18-2。這種使用頻率與細(xì)胞內(nèi)一組tRNA中的不同tRNA含量有關(guān)。

(三)tRNA是氨基酸的運(yùn)載工具:

tRNA在蛋白質(zhì)生物合成過程中起關(guān)鍵作用。mRNA推帶的遺傳信息被翻譯成蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu),但是mRNA分子與氨基酸分子之間并無直接的對(duì)應(yīng)關(guān)系。這就需要經(jīng)過第三者“介紹”,而tRNA分子就充當(dāng)這個(gè)角色。tRNA是類小分子RNA,長(zhǎng)度為73-94個(gè)核苷酸,tRNA分子中富含稀有堿基和修飾堿基,tRNA分子3’端均為CCA序列,氨基酸分子通過共價(jià)鍵與A結(jié)合,此處的結(jié)構(gòu)也叫氨基酸臂。每種氨基酸都有2-6種各自特異的tRNA,它們之間的特異性是靠氨基酰tRNA合成酶來識(shí)別的。這樣,攜帶相同氨基酸而反密碼子不同的一組tRNA稱為同功tRNA,它們?cè)诩?xì)胞內(nèi)合成量上有多和少的差別,分別稱為主要tRNA和次要tRNA。主要tRNA中反密碼子識(shí)別tRNA中的高頻密碼子,而次要tRNA中反密碼子識(shí)別mRNA中的低頻密碼子。每種氨基酸都只有一種氨基酰tRNA合成酶。因此細(xì)胞內(nèi)有20種氨基酰tRNA合成酶。

圖18-3 密碼子和反密碼子的相互作用

tRNA分子中還有一個(gè)反密碼環(huán),此環(huán)上的三個(gè)反密碼子的作用是與mRNA分子中的密碼子靠堿基配對(duì)原則而形成氫鍵,達(dá)到相互識(shí)別的目的。但在密碼子與反密碼子結(jié)合時(shí)具有一定擺動(dòng)性,即密碼子的第3位堿基與反密碼子的第1位堿基酸對(duì)時(shí)并不嚴(yán)格,見圖18-3。配對(duì)擺動(dòng)性完全是由tRNA反密碼子的空間結(jié)構(gòu)所決定的。反密碼的第1位堿基常出現(xiàn)次黃嘌呤I,與A、C、U之間皆可形成氫鍵而結(jié)合,這是最常見的擺動(dòng)現(xiàn)象。這種擺動(dòng)現(xiàn)象使得一個(gè)tRNA所攜帶的氨基酸可排列在2-3個(gè)不同的密碼子上,因此當(dāng)密碼子的第3位堿基發(fā)生一定程度的突變時(shí),并不影響tRNA帶入正確的氨基酸。

表18-3 反密碼與密碼堿基配對(duì)時(shí)的搖擺現(xiàn)象

反密碼第1位堿基ACGU1
密碼第3位堿基UGC,UA,GA,C,U

在蛋白質(zhì)生物合成過程中,特異識(shí)別mRNA上起始密碼子的tRNA被稱為起始tRNA,它們參加多肽鏈合成的起始,其它在多肽鏈延伸中運(yùn)載氨基酸的tRNwww.med126.comA,統(tǒng)稱為延伸tRNA。

(四)核糖核蛋白體

核蛋白體是由rRNA和幾十種蛋白質(zhì)組成的亞細(xì)胞顆粒,位于胞漿內(nèi),可分為兩類,一類附著于粗面內(nèi)質(zhì)網(wǎng),主要參與白蛋白胰島素等分泌性蛋白質(zhì)的合成,另一類游離于胞漿,主要參與細(xì)胞固有蛋白質(zhì)的合成。核糖體是細(xì)胞中的主要成分之一,在一個(gè)生長(zhǎng)旺盛的細(xì)菌中大約不20000個(gè)核糖體,其中蛋白質(zhì)占細(xì)胞總蛋白質(zhì)的10%,RNA占細(xì)胞總RNA的80%。

任何生物的核糖體都是由大、小兩個(gè)亞基組成,現(xiàn)將大腸桿菌核糖體和大鼠肝細(xì)胞核糖體的蛋白質(zhì)組分和RNA組成列表于18-4。1968年已在體外對(duì)大腸桿菌小亞基進(jìn)行了自我裝配研究,加入16s rRNA和21種蛋白質(zhì),即可形成有天然活性的30s小亞基。通過這些研究使人們能夠進(jìn)一步認(rèn)識(shí)小亞基和大亞基中rRNA與蛋白質(zhì)的特異功能。核糖體是高度復(fù)雜的體系,它的任何個(gè)別組分或局部組分都不能起整體的作用,因此必須研究核糖體中蛋白質(zhì)和RNA的空間結(jié)構(gòu)和位置,才能更完全地了解蛋白質(zhì)合成的具體過程。過去一直認(rèn)為rRNA主要起著結(jié)構(gòu)上的作用,蛋白質(zhì)發(fā)揮催化功能,但現(xiàn)在認(rèn)為rRNA與蛋白質(zhì)共同的構(gòu)成的核糖體功能區(qū)是核蛋白體表現(xiàn)功能的重要部位,如GTP酶功能區(qū),轉(zhuǎn)肽酶功能區(qū)以及mRNA功能區(qū)等等。

表18-4 核蛋白體的組成及特性

來源直徑(毫微米)重量(道爾頓)含rRNA(%)含蛋白質(zhì)(%)沉降系數(shù)亞基含rRNA含蛋白質(zhì)種數(shù)每個(gè)細(xì)胞內(nèi)含有的個(gè)數(shù)
種類分子量
真核細(xì)胞胞液20~223.6×106554577S~80s40S(小)18S-70萬~34106~107
60S(大)5s
5.8S
28S~29S
3萬
4萬
140~180萬
~40
原核細(xì)胞胞液182.6×10660~6530~3570S30S(小)16S55萬~341.5×104
50S(大)5s
23S
4萬
110萬

注:真核細(xì)胞線粒體的核蛋白體組成及特性與原核細(xì)胞胞液的相同

核蛋白體作為蛋白質(zhì)的合成場(chǎng)所具有以下幾種作用:

(1)mRNA結(jié)合位點(diǎn):位于30s小亞基頭部,此處有幾種蛋白質(zhì)構(gòu)成一個(gè)上的結(jié)構(gòu)域,負(fù)丙與mRNA的結(jié)合,特別是16srRNA3’端與mRNa AUG之前的一段序列互補(bǔ)是這種結(jié)合必不可少的,見表18-5。

表18-5 大腸桿菌mRNA起始密碼上游區(qū)域SD序列和16srRNA的互補(bǔ)

MS2外殼蛋白
MS2復(fù)制酶
MS2A蛋白
λCro
galE
β-內(nèi)酰氨酶
脂蛋白
核糖體蛋白S12
RNA聚合酶β
trpE
3’HOAU UCCUCCACUAG……5’
5’……UCAACC GGAGUUUGAAUCAUG…3’
5’……CAAACAU GAGGAUUACCCAUG …3’
5’…… UCCU AGGAGGUUUGACCUGUG…3’
5’…… AUGUAC UAAGGAGGUUGUAUG…3’
5’…… AGCCUAAU GGAGCGAAUUAUG…3’
5’…… UAUUGAAA AAGGAAGAGUAUG…3’
5’…… AUCUA GAGGGUAUUAAUAAUG…3’
5’…… AAAACCAGGAGCUAUUUAAUG…3’
5’…… AGCGAGCU GAGGAACCCUAUG…3’
5’…… CAAAAUUAGAGAAUAACAAUG…3’

(2)P位點(diǎn):(peptidyl tRNA site)

又叫做肽;鵷RNA位或給位。它大部分位于小亞基,小部分位于大亞基,它是結(jié)合起始tRNA 并向A位給出氨基酸的位置(圖18-4)。

圖18-4 翻譯過程中的核糖體圖解

(3)A位點(diǎn):(Aminoacyl-tRNA site)

叫做氨基酰 tRNa 位或受位。它大部分位于大亞基而小部分位于小亞基,它是結(jié)合一個(gè)新進(jìn)入的氨基酰tRNA 的位置(見后節(jié)敘述)。

(4)轉(zhuǎn)肽酶活性部位:

位于P位和A位的連接處。

(5)結(jié)合參與蛋白質(zhì)合成的起始因了(Initiation Factor,IF)、延長(zhǎng)因子(ElengationFactor,EF)和終止因子或釋放因子(Release Factor,RF)。

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