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豬水痕病的病原是豬水皰病病毒（Swine vesicular disease virus，SVDV)。屬于小 核糖核酸病毒科（Picornaviridae)、腸道病毒屬（Enterovirus) (Brown and Hull, 1973)， 在抗原性和基因組序列上均與人柯薩奇B5病毒（Coxsackievirus B5，CV - B5)密切 相關(guān)，其3BC蛋白酶基因與人另一腸道病毒艾柯病毒（Echovims-9, EV-9) 3C蛋 白酶基因也具有很高的同源性。通過分析3BC和VP1基因的同源性證明，SVDV和人 柯薩奇B5 (CV-B5)屬于同一種病毒類型。分析這兩種病毒的抗原性和遺傳進(jìn)化證 據(jù)顯示SVDV可能于1945—1965年期間由CV - B5跨越宿主范圍，在豬體內(nèi)進(jìn)化 而來。
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