上海第二醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院成立于1989年5月，其前身為創(chuàng)建于1955年8月26日的基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部。經(jīng)過(guò)多年的建設(shè)，學(xué)院已成為全校基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)的教學(xué)、科研、師資培養(yǎng)以及社會(huì)服務(wù)的基地。
　　
　　學(xué)院現(xiàn)有21個(gè)教研室，同時(shí)設(shè)有生物醫(yī)學(xué)工程系、藥學(xué)系，聯(lián)合國(guó)世界衛(wèi)生組織免疫遺傳學(xué)和免疫病理學(xué)合作中心、衛(wèi)生部法語(yǔ)培訓(xùn)中心、上海市免疫學(xué)研究所、上海生物醫(yī)學(xué)工程研究所、上海市生殖醫(yī)學(xué)研究與培訓(xùn)中心、上海第二醫(yī)科大學(xué)基因治療中心、上海第二醫(yī)科大學(xué)藥物研究所和上海第二醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究中心。

　　學(xué)院承擔(dān)了培養(yǎng)各種學(xué)制（三、四、五、七、八年），各種專業(yè)(臨床醫(yī)學(xué)、口腔醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)法語(yǔ)班、生物醫(yī)學(xué)工程、藥學(xué)、醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)、護(hù)理、公共事業(yè)管理等)，各種層次(�？�、本科、七年制、研究生)和各種形式（全日制、夜大學(xué)）的基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)教學(xué)工作。

　　學(xué)院現(xiàn)有市級(jí)重點(diǎn)學(xué)科1個(gè), 211重點(diǎn)建設(shè)學(xué)科3個(gè)。自1984年以來(lái)，經(jīng)國(guó)務(wù)院學(xué)位委員會(huì)批準(zhǔn)先后建立了“生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)”、“基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)”和“生物學(xué)”3個(gè)一級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、生物學(xué)兩個(gè)博士后流動(dòng)站，10個(gè)二級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，13個(gè)二級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)。博士生導(dǎo)師30名，碩士生導(dǎo)師22名。
細(xì)胞生物學(xué)為上海市教委重點(diǎn)開(kāi)放實(shí)驗(yàn)室，生殖生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室為上海市科委重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。
學(xué)院擁有大型儀器設(shè)備包括流式細(xì)胞儀、電子顯微鏡、激光共聚焦顯微鏡、細(xì)胞圖象分析儀、核酸蛋白分析儀、色質(zhì)聯(lián)用分析儀等。

　　2001-2004年間，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院獲得的國(guó)家“973”和“863”項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)總額1032萬(wàn)元，國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目35項(xiàng),經(jīng)費(fèi)總額685.5萬(wàn)元，上海市地方政府項(xiàng)目70項(xiàng)，經(jīng)費(fèi)總額1288.5萬(wàn)元。其間獲獎(jiǎng)科研成果３項(xiàng)，在ＳＣＩ收錄雜志發(fā)表論文87篇。

　　學(xué)院現(xiàn)有教職員工399名，其中正、副教授112名。具有研究生學(xué)歷的教師占教師總數(shù)的58.3%。教師中973首席科學(xué)家1人，國(guó)家教育部“長(zhǎng)江特聘教授”1人，“長(zhǎng)江講座教授”1人，國(guó)家有突出貢獻(xiàn)中青年專家3人，獲國(guó)務(wù)院特殊津貼專家12人。