北京中醫(yī)藥大學(xué)管理學(xué)院源于1983年建立的中醫(yī)藥管理干部培訓(xùn)部，1987年改稱衛(wèi)生管理系，2000年擴建為現(xiàn)在的管理學(xué)院。
管理學(xué)院下設(shè)兩個系：衛(wèi)生管理系、工商管理系。衛(wèi)生管理系下設(shè)五個教研室，工商管理系下設(shè)五個教研室。現(xiàn)有教職工60人，教授占13%以上、副教授占33%以上，中級職稱占25%，其中，擁有博士學(xué)位者占33%以上。學(xué)院還聘請了許多著名行業(yè)專家為兼職教授、兼職碩士研究生導(dǎo)師。
管理學(xué)院現(xiàn)有兩個北京市重點學(xué)科（交叉學(xué)科)——中醫(yī)藥管理學(xué)、中醫(yī)人文學(xué)；一個北京市哲學(xué)社會科學(xué)基地——北京中醫(yī)藥文化研究基地；兩個校級研究中心——衛(wèi)生經(jīng)濟與中醫(yī)藥政策研究中心、醫(yī)療機構(gòu)成本測算中心；一個院級研究中心——中醫(yī)藥政策研究中心。
管理學(xué)院現(xiàn)有公共事業(yè)管理和工商管理兩個本科專業(yè)，社會醫(yī)學(xué)與衛(wèi)生事業(yè)管理一個碩士學(xué)位授予點。現(xiàn)有在校生近千人，其中本科生占88%，研究生占12%。20多年來為國家和社會培養(yǎng)了大量的優(yōu)秀人才。
管理學(xué)院現(xiàn)擁有一支實力雄厚的科研隊伍，科研能力和水平逐年提升，承擔(dān)了大量的科研課題，包括國家“十五”攻關(guān)課題、國家“十一五”科技支撐項目、國家自然科學(xué)基金課題、國家發(fā)展和改革委員會課題、國家計生委課題、國家人力資源和社會保障部課題、國家中醫(yī)藥管理局課題、教育部人文社科基金課題等。研究成果曾獲得國家科技進步二等獎，以及教育部、北京市和中華中醫(yī)藥學(xué)會等部門頒發(fā)的多項獎勵。
管理學(xué)院在教學(xué)、科研和社會服務(wù)等各個方面都形成了自身的特色，綜合實力在行業(yè)院校中名列前茅。
