復旦大學上海醫(yī)學院位于上海繁華的徐家匯東側(cè)，她有著悠久的歷史和優(yōu)良的學風，享譽海內(nèi)外。隨著中國教育體制的改革，2000年4月原復旦大學（創(chuàng)建于1905年）與原上海醫(yī)科大學（創(chuàng)建于1927年）合并，復旦大學上海醫(yī)學院于2001年7月27日成立，由復旦大學副校長王衛(wèi)平教授兼任院長。
復旦大學上海醫(yī)學院成立以來大膽探索體制改革。為創(chuàng)辦綜合性大學的一流醫(yī)學院，促進基礎醫(yī)學和臨床醫(yī)學的結(jié)合，加快醫(yī)學學科建設，由醫(yī)學院的領導和各附屬醫(yī)院的院長組成上海醫(yī)學院院務委員會，是學院的咨詢決策機構(gòu)。在教學管理架構(gòu)上設有27個系。在行政管理架構(gòu)上設有黨委辦公室、院長辦公室、教學辦公室、科研辦公室和本科生、研究生工作組，負責管理和協(xié)調(diào)學院各方面的工作。學院現(xiàn)有國家重點學科20個；國家重點實驗室1個；“211工程”建設重點學科8個；教育部、衛(wèi)生部重點實驗室9個；上海市重點學科2個；上海市臨床醫(yī)學中心8個。有博士后流動站4個，博士點29個，碩士點36個。
